A capacitação complementar normalmente é focada em alguma área mais específica dentro da especialidade, como capacitação clínica. Existem alguns serviços de capacitação no Brasil, chancelados pela Sociedade Brasileira de Endoscopia Digestiva, que têm grade curricular de um ano.
O ingresso nestes cursos tem como pré-requisito a formação de dois anos, seja para especialistas formados nos Centros de Ensino da SOBED, ou nas Residências Médicas autorizadas pelo Ministério da Educação e Cultura. Ou seja, a titulação de Endoscopista é obrigatória.
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